El origen de la Iglesia de Santa María se pierde en el pasado. Hay quien apunta a su origen en una iglesia rural de tiempos visigodos. Aquella estaría situada junto al castillo cuando Linares dependía de la ciudad de Cástulo. En el siglo VII Linares pasa a depender de Baeza, poco después comienza la dominación musulmana.
Se ha dicho que en el lugar hubo una mezquita en tiempos de ocupación musulmana (1) aunque Federico Oliveira Martins sugiere que en muchas poblaciones españolas 'musulmanes y cristianos llegaron a compartir el uso de las mismas iglesias, cuya parte oriental se reservaban los primeros, y la mitad occidental los segundos'. Cuentan los historiadores que en algunas columnas y en la capilla de la Humildad se encontraron inscripciones arabes que habrían desaparecido tras el incendio de la iglesia siglos después.
En 1212 con la Batalla de Navas de Tolosa comienza la reconquista de Andalucía. En los años siguientes debió producirse la reconquista de nuestra tierra y a partir de entonces comenzaría la construcción de la parte gótica que en parte ha persistido hasta nuestros días. Como la Puerta de la Asunción, que hoy es la puerta principal del templo. Es una puerta abocinada, sin tímpano flanqueada por columnillas que se unen mediante arquivoltas en la parte superior. Todo el conjunto está enmarcado por pilastras laterales rematadas con pináculos. Arriba aparece un nicho con la virgen flanqueado por dos pares de arcos ciegos.
Cuenta la tradición que la Iglesia de Santa María fue la primera morada de la Sántisima Virgen de Linarejos, hallada el 5 de agosto de 1227 por Juan Jimenez y trasladada hasta Santa María de donde desapareció para ser encontrada de nuevo en su lugar original donde finalmente se construyó el Santuario que hoy ocupa.
En 1236 San Fernando en su reconquista de la capital cordobesa, portaba consigo una imagen de Nuestra Señora de Linares cuyo origen los historiadores cordobeses fijan en nuestra población. Apunta Sanchez Caballero que el Rey pudo hacer escala aquí en su viaje hacia Córdoba y pudo llevarse consigo la imagen de nuestra iglesia.
En 1573 Andrés de Vandelvira dirige las obras de ampliación de la iglesia, se inicia la destrucción del crucero gótico que será sustituido por el crucero renacentista actual. Las obras se suspenderán 6 años después debido a la falta de recursos que supuso la concesión del villazgo por parte de Felipe II lo que conllevaba el pago a la corona de fuertes cantidades por parte del pueblo.
En 1604 se termino de construir la torre del campanario. La misma tiene planta octogonal y se encuentra decorada en su friso superior con espejuelos de plomo.
La Puerta de San Pedro es de estilo neoclasico, obra de Juan de Aranda y se terminó en 1664. Está formada por un arco de medio punto flanqueada por dos pares de columnas dóricas sobre plintos que soportan un entablamento. Su frontón partido soporta cuatro pináculos, uno por columna y deja espacio en el centro para un nicho con la imagen de San Pedro sobre el cual un frontón mas pequeño remata la portada.